Scedosporiosis pulmonar post COVID-19 en paciente diabético: a propósito de un caso

Las especies de Scedosporium son consideradas patógenos oportunistas emergentes, que afectan a pacientes inmunocomprometidos o con respuesta inmunológica normal. La enfermedad invasiva grave supera tasas de mortalidad del 80 %. Se describe caso con afectación pulmonar causada por el complejo de especies de Scedosporium en un paciente masculino de 75 años de edad, procedente de Caracas, Venezuela, con diabetes mellitus tipo 2, infección respiratoria baja, dos infecciones previas por enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19) e imagen radiológica de lesión de ocupación de espacio pulmonar basal izquierdo. Se envió al laboratorio de microbiología porción de aproximadamente 1 cm2 de tejido pulmonar, solicitando estudios micológicos y para micobacterias. Al examen directo con KOH al 20 % se observó un fragmento de hifa hialina tabicada. A los 12 días de incubación hubo crecimiento en agar Sabouraud dextrosa más gentamicina de colonias vellosas con pigmentado difusible color amarillo pálido a mostaza. Se realizó examen directo a las colonias con azul de algodón, observándose estructuras compatibles con el complejo de especies de Scedosporium. Scedosporium spp., es el segundo hongo filamentoso, después de Aspergillus spp., causante de infecciones respiratorias bajas. El paciente fue tratado con voriconazol después del diagnóstico micológico con una evolución satisfactoria. Las infecciones por especies de Scedosporium afectan órganos internos como los pulmones, similar al caso descrito. La infección por COVID-19 es un factor predisponente para adquirir infecciones fúngicas poco frecuentes. El laboratorio de microbiología cumple un rol importante en el diagnóstico de micosis causadas por hongos inusuales.

Scedosporium species are considered emerging opportunistic pathogens affecting immunocompromised patients or patients with normal immune response. Mortality rates exceed 80 % in severe invasive disease. We describe a case of lung involvement caused by Scedosporium species complex in a 75-year-old male patient from Caracas, Venezuela, with type 2 diabetes mellitus, lower respiratory tract infection, two previous coronavirus disease infections 2019 (COVID-19) and radiological findings of a left basal lung space-occupying lesion. A piece of lung tissue measuring approximately one cm2 was sent to the microbiology laboratory, requesting mycology and mycobacteria studies. Direct examination with 20 % KOH revealed a hyaline septate hyphal fragment. Growth of hairy colonies with diffusible pale yellow to mustard pigment was observed on Sabouraud dextrose plus gentamicin agar after 12 days of incubation. Structures compatible with the Scedosporium species complex were observed on direct examination of the colonies with cotton blue. Scedosporium spp. is the second most common filamentous fungus causing infections of the lower respiratory tract after Aspergillus spp. The patient was treated with voriconazole after mycological diagnosis with satisfactory outcome. Infections with Scedosporium spp. affect internal organs such as the lungs, similar to the case described. COVID-19 infection predisposes to the acquisition of uncommon fungal infections. The microbiology laboratory plays an important role in the diagnosis of mycoses caused by unusual fungi.

Prueba Xpert® MTB/RIF para el diagnóstico de Tuberculosis en el Instituto Médico La Floresta

La necesidad de un diagnóstico rápido, sensible y específico para tuberculosis es apremiante; se estiman 4 000 muertes cada día y aproximadamente 28 000 personas se contagian de esta enfermedad. La prueba Xpert®MTB/RIF consiste en un ensayo de diagnóstico in vitro de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real automatizada, semicuantitativa, que en tan solo dos horas, permite detectar el ácido desoxirribonucleico (ADN) del complejo Mycobacterium tuberculosis (MTB) y mutaciones asociadas a la resistencia a rifampicina. Objetivo: Describir la experiencia del ensayo Xpert®MTB/ RIF y su valor diagnóstico en Dpto. de Microbiología del Instituto Médico La Floresta, desde abril 2012 hasta abril 2021. Métodos: Estudio descriptivo de muestras respiratorias y de otras procedencias, de pacientes con sospecha de tuberculosis, ensayadas por PCR a través del Xpert®MTB/RIF. Adicionalmente se realizó Ziehl-Neelsen y cultivo por el método de Ogawa Kudoh modificado, dependiendo del volumen de muestra recibida. Resultados: De 618 PCR realizadas, 58 muestras fueron positivas (9,4 %), 56 correspondieron a adultos y 2 a niños, 81 % se clasificaron como tuberculosis pulmonar y 19 % como extrapulmonar. A 37 se les realizó cultivo, de las cuales 10 no desarrollaron crecimiento, y a 33 adicionalmente Ziehl-Neelsen, de las cuales 12 presentaron baciloscopias negativas. En cinco de las muestras se detectó resistencia a rifampicina. Conclusiones: A través de la prueba Xpert®MTB/RIF fue posible detectar MTB en aquellas con baciloscopias negativas, en las que no desarrollaron crecimiento en el cultivo y permitió la rápida instauración de tratamiento en la tuberculosis multirresistente.

The rapid, sensitive, and specific diagnosis for tuberculosis is urgent; 4 000 deaths are estimated every day and approximately 28 000 people are infected with this disease. The Xpert®MTB/RIF test consists of an automated, semi-quantitative real-time polymerase chain reaction (PCR) in vitro diagnostic assay that, in just two hours, allows the detection of Mycobacterium tuberculosis complex (MTB) DNA and mutations associated with resistance to rifampicin. Objective: To describe the experience of the Xpert®MTB/RIF assay and its diagnostic value in the Department of Microbiology of the La Floresta Medical Institute, from April 2012 to April 2021. Methods: Descriptive study of respiratory samples and other sources, from patients with suspected of tuberculosis, assayed by PCR through Xpert®MTB/RIF. Additionally, Ziehl-Neelsen and culture were performed by the modified Ogawa Kudoh method, depending on the volume of sample received. Results: Of 618 PCR performed, 58 samples were positive (9.4 %), 56 corresponded to adults and 2 to children, 81 % were classified as pulmonary tuberculosis and 19 % as extrapulmonary. Culture was performed on 37, of which 10 did not develop growth, and on 33 additionally Ziehl-Neelsen, of which 12 presented negative bacilloscopy. Rifampicin resistance was detected in five of the samples. Conclusions: Through the Xpert®MTB/RIF test, it was possible to detect MTB in those with negative bacilloscopy, in which they did not develop growth in the culture and allowed the rapid establishment of treatment in multidrug-resistant tuberculosis.

Estudio observacional de la microbiota intestinal aeróbica / Observational study of the aerobic gut microbiota

El ecosistema microbiano asociado al intestino es el más diverso y complejo, en el ser humano cambia durante las diferentes etapas de la vida. La pérdida del equilibrio de este ecosistema intestinal se conoce como disbiosis. Establecer la posible relación entre la disbiosis aeróbica con diversas enfermedades de interés clínico encontradas. Se estudiaron 377 casos de disbiosis con diferentes patologías como trastorno del espectro autista (TEA), enfermedad inflamatoria intestinal, alergias, intolerancia alimentaria, entre otras; y un grupo control de 497 personas aparentemente sanas. Para el análisis de la información se utilizaron las pruebas de T de Student y regresión logística multinominal, ajustadas a un intervalo de confianza del 95%. Hubo variabilidad en el crecimiento de la microbiota benéfica del grupo de casos de disbiosis respecto al grupo control (p<0,001). La microbiota transitoria causante de disbiosis estuvo conformada principalmente por cocos grampositivos: Streptococcus grupo viridans, Enterococcus faecium y Enterococcus gallinarum; bacilos gramnegativos: Klebsiella pneumoniae, complejo Enterobacter cloacae y Klebsiella oxytoca y especies de Candida albicans, Candida tropicalis y complejo Candida parapsilosis. La población más susceptible con disbiosis fueron niños con edades comprendidas entre 2 y 6 años. Los TEA y la intolerancia alimentaria estuvieron asociados significativamente con la disbiosis (p<0,05)

The microbial ecosystem associated with the intestine is the most diverse and complex in the human being, since it changes during the different stages of life. Losing balance of this intestinal ecosystem is known as dysbiosis. To establish the possible relationship between aerobic dysbiosis and diseases of clinical interest found. Three hundred and seventy-seven (377) cases of dysbiosis with different pathologies such as autism spectrum disorder (ASD), inflammatory bowel disease, allergies, food intolerance, among others; and a control group of 497 apparently healthy people, were studied. For the analysis of the information, multinomial logistic regression and Student's t tests were used, adjusted to a 95% confidence interval. The growth of beneficial microbiota showed variability in the dysbiosis case group compared to the control group (p <0.001). The transient microbiota causing dysbiosis was mainly made up of gram-positive cocci: Streptococcus viridans group, Enterococcus faecium and Enterococcus gallinarum; gram-negative bacilli: Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae complex, and Klebsiella oxytoca and Candida albicans, Candida tropicalis and Candida parapsilosis complex species. The most susceptible population with dysbiosis was children aged between 2 and 6 years. The ASD and food intolerance were significantly associated with dysbiosis (p <0.05)

Formación de biopelículas por Candida parapsilosis sensu stricto y su perfil de susceptibilidad en Venezuela / Biofilm-forming of Candida parapsilosis sensu stricto and its susceptibility profile in Venezuela

Una de las principales consecuencias del desarrollo de biopelículas es la resistencia a los antifúngicos. Se determinó la formación de biopelículas por Candida parapsilosis sensu stricto aisladas de sangre y su perfil de susceptibilidad. Se evaluaron 30 cepas de C. parapsilosis sensu stricto de la Red de Candidemias del Dpto. de Micología del Instituto Nacional de Higiene Rafael Rangel-Venezuela, por el método cuantitativo en microplaca con tinción de cristal violeta y el método cualitativo en agar Sabouraud dextrosa suplementado con rojo Congo. Se utilizó el método de microdilución según el documento M-27 del Clinical and Laboratory Standards Institute. La formación de biopelículas de C. parapsilosis sensu stricto por el método cuantitativo fue de 63% y por el método cualitativo de 50%. El método cualitativo presentó valores de sensibilidad, especificidad, valores predictivos positivo y negativo de 61,1%, 23%, 78,6%, 43,8% respectivamente frente al método cuantitativo. Los aislados en forma planctónica fueron 100% sensibles a anfotericina B y caspofungina, con susceptibilidad variable a los azoles. El método cuantitativo es una técnica confiable para determinar la formación de biopelículas. El método cualitativo puede usarse como método pantalla inicial. No se encontró relación entre la susceptibilidad de las formas planctónicas y la capacidad de producción de biopelículas

One of the main consequences of biofilm development is resistance to antifungals. Biofilmforming by Candida parapsilosis sensu stricto isolated from blood and its susceptibility profile was determined. Thirty strains of C. parapsilosis sensu stricto belonging to the Candidemia Network of the Mycology Department of the Instituto Nacional de Higiene Rafael Rangel-Venezuela, were evaluated by microplate quantitative method with violet crystal staining, and Sabouraud dextrose agar supplemented with Congo red qualitative method. The microdilution method was used to determine the susceptibility, according to the Clinical and Laboratory Standards Institute M-27 document. Biofilm formation of C. parapsilosis sensu stricto by both quantitative and qualitative method was 63% and 50%, respectively. Sensitivity, specificity, and positive and negative predictive values of the qualitative method were 61.1%, 23%, 78.6%, and 43.8% respectively, when compared with quantitative method. Planktonic isolates were 100% sensitive to amphotericin B and caspofungin, with variable susceptibility to azoles. Quantitative method is a reliable assay to determine biofilm formation, while qualitative method can be used as an initial screening assay. No relationship was found between susceptibility of planktonic isolates and the ability to biofilm-forming

Diagnóstico de neumocistosis en pacientes oncológicos: por la técnica de inmunofluorescencia directa / Neumocistosis in oncological patients: diagnoses for immunofluorescense direct technique

El paciente con enfermedades oncológicas tiene un alto riesgo para desarrollar infecciones respiratorias, y neumonía por Pneumocystis jirovecii. En Venezuela existen pocos estudios sobre la neumocistosis en pacientes oncológicos. El objetivo de este trabajo fue detectar la presencia de Pneumocystis jirovecii en pacientes oncológicos a través de la técnica de inmunofluorescencia directa. Se recibieron, durante 10 meses, 31 muestras respiratorias (lavado broncoalveolar, esputo espontáneo e inducido, aspirados traqueales), de ellas 8 (25,5 por ciento) resultaron positivas. La distribución por tipo de cáncer fue la siguiente: 18 tumores sólidos y 13 leucemias y linfomas. La positividad entre los grupos estudiados no fue estadísticamente significativa (P>0,05). Los exámenes de laboratorio complementarios, relacionados tampoco fueron estadísticamente significativos (P>0,05). Es necesario incluir este diagnóstico en estudio microbiológico diferencial de infecciones del tracto respiratorio inferior en pacientes con cáncer, estos pacientes cursan con una sintomatología general inespecífica y tendrán una alta posibilidad de desarrollar neumocistosis.

The patient with malignancy disease has a high risk to develop respiratory infections for Pneumocystis jirovecii pneumonia. Investigations about pneumocystosis in oncological patients in Venezuela are scarce. The objective of this work was to detect Pneumocystis jirovecii in oncological patients by the method of direct immunofluorescence technique. Thirty one respiratory specimens (bronchoalveolar lavage, spontaneous and induced sputum, and tracheal aspirates) received in 10 months, 8 specimens of them (25.5) were positive the distribution by malignancy disease was the following: 18 solid tumors, and 13 leukemias, and lymphomas. No statistically significant differences were found between the studied groups and positive results (P>0.05). The complementary laboratory tests, related to the presence of Pneumocystis, were not statistically significant either P>0.05). Is necessary to include this diagnosis in the microbiological differential study of low respiratory tract infections in oncological patients, since these patients show unspecific symptoms, and have a high possibility to develop pneumocystosis.

Diagnóstico de pneumocystis jirovecii en pacientes oncológicos por la técnica de inmunofluorescencia directa / Pneumocystis jirovecii diagnostic in cancer patients through direct immunofluorescence technique

El paciente con cáncer tiene un alto riesgo para desarrollar infecciones respiratorias debido a la alteración de los mecanismos básicos de defensa inmune, donde la neutropenia, el uso de corticosteroides y quimioterapia son los principales factores para que se desarrolle neumonía por Pneumocystis jirovecii (PCP). En Venezuela existen pocos estudios sobre neumocistosis en pacientes oncológicos. El objetivo de este trabajo fue detectar la presencia de PCP en pacientes oncológicos a través de la técnica de Inmunofluorescencia Directa (IFD). En el departamento de micología de INHRR durante 10 meses se recibieron 31 muestras (lavado broncoalveolar, esputo espontáneo e inducido, aspirados traqueales) de las cuales 8 (25.5%) resultaron positivas. La distribución por tipo de cáncer fue la siguiente: 18 tumores sólidos, 13 leucemias y linfomas, y la positividad entre los grupos estudiados no fue estadísticamente significativa (p>0.05). Los estudios paraclínicos relacionados con la presencia de PCP tampoco fueron estadísticamente significativos (p>0.05). Es necesario incluir el diagnóstico de PCP en el estudio microbiológico diferencial de infecciones respiratorias bajas en cáncer, ya que cursan con una sintomatología general inespecífica y la posibilidad de encontrar neumocistosis en ellos es alta.

The cancer patients have a high risk to develop respiratory infections due to the alteration of the basic mechanisms of immune defense, where neutropenia, the use of corticosteroids and chemotherapy are the major factors to develop Pneumocystis jirovecii (PCP). There are few studies in Venezuela about pneumocystosis in cancer patients. The aim of this study was to detect the presence of PCP in cancer patients through direct immunofluorescence technique (DIF). During 10 months were received 31 samples (bronchoalveolar lavage, spontaneous and induced sputum, and tracheal secretions) in the Mycology Departament of the National Institute of Hygiene (INHRR), of which 8 (25.5%) were positive. The distribution by cancer type was the follows: 18 solid tumors, 13 leukemias and lymphomas, and the positivity among the groups were not statistically significant (p>0.05). Neither statistically significant differences (p>0.05) were found in the paraclinical studies related to the presence of PCP. It is necessary to include the diagnosis of PCP in the differential microbiological study of low respiratory infections in cancer patients, since they curse with nonspecific respiratory symptoms and the possibility of finding pneumocystosis in them is high.